Array<Vec2>でゲームのキャラのxy軸を保持する配列を作ることはできたのですが、キャラの角度を保持するsiv3Dの一般的なやり方というのはあるのでしょうか？現在、構造体にVec2と角度用のdouble型をぶっこむ構造になっています。

構造体を使うのがベストだと思います。
Vec3 で z に角度を保存するのも良いでしょう。