メインモニタ(1366x768)にウィンドウモードの操作パネルexeを、サブモニタ(1920x1080)にフルスクリーンモードの表示用exeを作成しています。
　各exe間のデータのやり取りはiniファイルを用いて行っています。
　このとき、メインモニタの解像度とサブモニタの解像度が違い、また、ディスプレイ配置を変えているため自作のC#アプリでサブモニタの左上の座標を取得すると(-1920,-321)となってしまい、Window::SetPos()を用いても期待する結果が得られません。
　お力添えいただけましたら幸いです。

アプリの流れは
　操作パネル(以下M)を起動
　C#コンソールアプリ呼び出し→Monitor.ini作成
　Mから表示用アプリ(以下S)起動
　SでMonitor.ini読み込み
となっています。

フルスクリーン表示の対象は、Siv3D August 2016 v2 では自動的にメインモニタになり、Windows でプライマリディスプレイを変更する以外に、これを変える方法はありません。
現在開発中の OpenSiv3D では対象のモニタを指定できるよう改善しております。

お返事ありがとうございます。
変更する方法はないのですね。了解しました。

フレームレスにし画面サイズと同じ大きさのウィンドウを生成することで目的は達成できたのでたちまちこれで対応しておきます。

次バージョンでは改善されるということで楽しみにしております。これからも開発を頑張ってください！