以下のプログラムを実行すると黄色い■が表示されてしまいます。

# include <Siv3D.hpp>

void Main()
{
	const Texture texture(L"Atom.png");

	while (System::Update())
	{
		texture.draw();
	}
}

画像ファイルが適切な位置に配置されていません。
入門チュートリアルで使われている example フォルダを基準にファイルの位置を直してください。

ファイルの位置はここであってますか？