Siv3Dでプロジェクトを作成し、ビルドして実行すると
「An invalid handle was specified」
なるダイアログが出ます

while (System::Update())だけのプロジェクトでもこれが出ます
どうすればいいですか？

申し訳ありませんが、原因がわからないので解決できない問題です。
もしよろしければ、現在開発中の次世代 Siv3D「OpenSiv3D」をお試しください。