使っているのは
Siv3D January 2015 v2
です。

以下のプログラムですが、
ダイアログに表示する初期フォルダ
にfolderを入れているだけですが、
私の環境では
デスクトップ
が選択されたものしか表示されません。


	const Font font(10);

	FilePath folder;

	folder = FileSystem::InitialPath();
	while(System::Update())
	{
		if(Input::KeyF.clicked)
		{
			// ダイアログでフォルダが選択されたら
			if(auto open = Dialog::GetFolder(folder))
			{
				// フォルダ名
				folder = open.value();
			}
		}

		font(folder).draw();
	}

ご報告ありがとうございます。
同様の現象を確認しました。原因を調査します。